ごくふつうの町で、穏やかに満たされた生活を おくる人々がいた。しかし彼らは、それが、 偽りの平和であることを知らなかった。 知られざる真実。地球はすでに、 滅んでいるということを。 宇宙からの謎の異星人勢力の攻撃を受け、 人類は99.9%が死滅。 その敵は『ドラクター』と名付けられた。 やがて地球には大きな穴があけられ、異星人の 居住に適した環境にテラフォーミングされた。 人類は彼らの目を逃れ、シェルターに 身を潜めるしかなかった。いつ訪れるか わからない、復活の日を待ちながら。 シェルターイクシアの住人たちは、滅びの日の 記憶を消され、何も知らず普通の生活を送っていた。 しかし、その中の一部の『選ばれし者』たちは、 パイロットとなり、『ローグ』と呼ばれる 巨大ロボットを駆り、異星人と戦っていた。 そして、今日もまた、新たなパイロットが選出される。