2000年頃、『FFIII』は『FFI』『FFII』と同時期にワンダースワンカラーへのリメイクが予定されていた。その後ワンダースワンカラーで『FFIV』が移植され、これに続いて「スクウェア マスターピース」シリーズの1つとしてリメイクされることになっていた。ファミ通で何度か記事として取り上げられ、公式ウェブサイトが作られるなどの様々な宣伝が行われていた。また、ファミ通や公式ウェブサイトにはワンダースワンカラー版『FFIII』のゲーム画面も掲載されていた。このゲーム画面は後年発売されたDS版とは異なり、『FFI』、『FFII』同様に色数を増したドット絵によるものであった。しかし、ワンダースワンの売上が思わしくないことなどからリメイクは無期限延期（事実上は中止）となる。