これまでのシリーズ作品同様、「ネップウ」と「ライメイ」の2バージョンを同時発売。 両バージョンの共通要素として「円堂守」三部作を1まとめにした3DS用ソフト『イナズマイレブン1・2・3!! 円堂守伝説』とデータ連動させる事により、3人の特殊キャラ（円堂カノン、豪炎寺真人、バダップ・スリード）をスカウトできる。また期間限定でネット配信される特殊なキャラをダウンロードして使う事が出来る。 1作目同様、各バージョンにより、登場する敵チーム、一部の「時空最強イレブン」メンバーキャラ、登場する化身・秘伝書などが異なる。 サブシナリオ・パラレルワールドイベントも若干異なる。