前作『イナズマイレブン』シリーズの続編であり、完全新作となる。前作の主人公である円堂守(えんどう まもる)の物語から10年後の雷門中学校が舞台となっており、今作の主人公である松風天馬(まつかぜ てんま)が雷門中に入学し、サッカー部に入部するところから物語は始まる。前作の主人公である円堂守は雷門サッカー部の監督として登場する。 なお、『イナズマイレブン3 世界への挑戦!! ジ・オーガ』にはクリア特典として、本作の4年前を描いたプロローグストーリーや、設定資料集が収録されている。また、今作初登場の松風天馬、剣城京介、神童拓人、霧野蘭丸、西園信助の5人は『イナズマイレブン ストライカーズ』にて一足先にプレイヤーキャラクターとしてゲスト出場し、必殺技を披露している。