『マリーのアトリエGB』と『エリーのアトリエGB』は、主人公や一部の登場キャラの名前は異なるものの、ストーリーやシステムはほぼ同一である。 新システムの「エージング調合」が導入され、手に入れたおまけ画像やアイテムは通信によって両ソフト間の交換が可能であるが、一部のアイテムを通信もしくはパスワードによって入手しなければアイテム図鑑はコンプリートしない。 なお、本作品はプレイステーション版からの移植ではなく、ストーリー、システム共にアレンジされた別視点のオリジナル作品である。 また、越智善彦による漫画作品「マリーとエリーのアトリエ ザールブルグの錬金術士」は本作品をベースにしている。 無事にアカデミーを卒業し、錬金術のお店を開いたマリー（エリー）のところに妖精族の長老が現れる。というのも、見習いの妖精を錬金術士にして欲しいというのだ。果たしてマリー（エリー）はこの見習い妖精を立派に育てる事ができるのだろうか…