アトリエシリーズ(ザールブルグ)3作目。 PS2で発売された後、2002年には通信対戦機能やイベントを追加した『リリーのアトリエプラス ~ザールブルグの錬金術士3~』が発売された。 2005年には、フィギュアが付属した『リリーのアトリエプラス~リミテッドエディション~』が数量限定で発売されている。 前2作が「アカデミーから卒業する」というのが基本的な目的なのに対し、本作は時代を遡り「アカデミーを建設する」というのが目的となる。前2作では教師であった二人が主人公の生徒(兼手伝い)として登場する。 本作品ではゲームとしてのエンディングの他、男性キャラクターとリリーとの「ラブラブ・エンディング」が特徴となっている。