「東京が死んで、僕が生まれた」 その日、都内の高校に通う主人公の少年、新田勇、橘千晶の3人は、入院している担任の高尾祐子のお見舞いに行く約束をしていた。病院へ向かう電車の中で少年は奇妙な夢を見る。やがて世界が滅び、その終わりを少年が生き抜いて行く－という不思議なメッセージ。 電車の到着アナウンスで夢から目覚めた少年は「新宿衛生病院」へと向かう。しかし病院には、勇と千晶の他には受付にも病室にも人の気配は無かった。嫌な予感を抱えつつ手分けして祐子を捜す内に、主人公は地下室で妖しげな機械を操る氷川という男に殺されそうになるが、祐子に助けられる。2人はこの病院で、世界を終末に導く「東京受胎」の準備を進めていたのだった。3人の少年少女はその東京受胎に巻き込まれ、世界が滅び、姿を変えてゆく様を目にする。 受胎の凄まじいエネルギーに意識を失った少年は、謎の金髪の子供と老婆に「マガタマ」と呼ばれる不思議な生物を埋め込まれ、悪魔へと変貌してしまう。そして目覚めた時、カグツチと呼ばれる発光体の浮かぶ閉じられた異界「ボルテクス界」へと姿を変えたトウキョウの姿を目の当たりにするのだった。 人間が滅び、悪魔達が徘徊するトウキョウを、悪魔の力を得た少年は戦いながら、この世界の真相を探るべく旅していくことになる。 どこかに祐子達が生きていることを信じて。
