メタルギアシリーズ第5作目、メタルギアソリッドシリーズ第3作目にあたるプレイステーション2対応ソフトとして発売された。1987年に発売されたMSX2用『メタルギア』の世界よりも前の世界を描いたものであり、ネイキッド・スネークが新たな主人公として据えられている。 テーマは「SCENE」。前作、前々作のテーマであるGENEとMEMEに対する価値観や善悪が、時代という場面によって変化することを示す。 監督の小島秀夫は発売前のインタビューで、太平洋戦争での原爆投下や東西冷戦、ケネディ大統領暗殺事件後のアメリカの迷走と、米ソ間の核兵器保有競争、それによる諜報活動の活発化がMGS3の本流だとしている。