前作に引き続き武将プレイである。そのため、ゲームオーバー条件は前回と基本的に変わらないが、後継候補として義兄弟が追加されている。武将数は551人、パワーアップキット版及びPS2、PSP版では611人。武将の身分は、前作の君主、太守、軍師、一般、在野の5つに加え、頭領、同志、軍団長(PS2、PSP版では都督)が増えた。ちなみに軍師は、前作では一つの勢力につき一人ずつだったのに対し、今作では一つの都市につき一人ずつ任命できるようになった。太守の軍師よりも君主の軍師の方ができることが多い。 今作では新たに放浪軍というシステムが設けられた。放浪軍は都市を持たない勢力のようなもので、客将として保護されていた劉備のような状態を再現している。