前作の続編である『ネメシスII』は完全なゲームボーイオリジナル作品となっており、前作の作戦終了後からの経緯を描いている。グラフィックが強化され、操作感覚もスムーズになり、さらにプレイしやすくなっている。しかし、面構成は全5面と少ないにもかかわらず、1面1面が比較的長くクリアまでそこそこの時間を要し、また、ビッグコアに追いかけられたり、パワーアップが全て剥ぎ取られるなど、従来のシリーズには無かった特殊かつ苦しい場面があった。 この作品の特徴として、「ミサイル」「ダブル」「レーザー」をそれぞれ3種類から1つ選ぶウェポンセレクトが搭載されている。当時のゲームボーイでウェポンセレクトが使用できることは画期的であった。 また、ゲーム中に一部デモが挿入されており、僅かではあるがストーリー性があった。その他、プラクティスモードが追加されており、1~4面までの好みのステージを選択してプレイする事が可能となっている。