基本的には前作とほぼ同様のシステムだが、数々の新要素が追加され、ボードゲームではルールも一部変更された。ボードゲームでは、テーマランド(ボードマップ)ごとに、キャラクターが専用の衣装に着替えて、プレイをする。また、今作からは新しく「アイテム」を使用するシステムが追加された。前作ではボードゲームを1周することでガイドのノコノコから周回ボーナスとして10コイン得ることができたが、今作以降のノコノコのシステムは撤廃され、「ノコノコバンク」としてノコノコバンクマスを通過すると5コインを貯金として減らされるものになった。ミニゲームでは、新たに「バトルミニゲーム」「けっとうミニゲーム」「アイテムミニゲーム」が追加された。今作のボードゲームなどで集めたコインは、「キノキオ」が販売するミニゲームを購入する際に使用する。また、ボードゲーム内で集めたスターは、ゲーム終了後にスター1枚につきコイン50枚と交換される様になった。前作と違い、COMプレイヤーが集めたコインも手に入る。