『ぷよぷよ通』の基本ルールに加え、本作では新たな要素として、様々な効果をもたらす「特技」と、対戦ルールが特殊なものに変化する「ステージ」の概念が導入された。しかし、このシステムは後の作品には継承されなかった。また、前作までと異なり、本作はアーケードとパソコンでは発売されていない。キャラクターデザインは、これまでの多くのシリーズを担当した壱に代わって戸部淑がつとめた。また前作までとは異なり、キャラクターのボイスにコンパイル社員やオーディションの新人ではなく、プロの声優を起用している。本格的なプロ声優の起用はPCエンジン版『ぷよぷよCD』シリーズでは既に導入されていたが、コンパイル発売の作品では本作が初となる。