基本操作などは前作と同じだが、本作では、最初から実行できるワリオのアクションは少ない。隠された特定の宝を手に入れると、徐々にアクションが増えていき、パワーアップする。また、ダメージを受けても、コインを落とすことがなくなった。 ステージルートは特定の宝を手に入れることにより、新たなルートが出現するようになっている。また、宝によっては、ステージに変化を起こすものも存在する。目的は、5つの封印のオルゴールを集める事である。通常のボス戦で負けても追い出されるだけだが、ラスボス戦のみにゲームオーバーが存在する。