マリオとその弟ルイージが息を合わせて独特のアクションやシナリオ展開を繰り広げる事に重点を置いた『マリオ&ルイージRPG』シリーズの第3作目になる。Aボタンでマリオ、Bボタンでルイージを操作し、さらに今作ではXとYでクッパを操作することが出来る。 ひょんなことからクッパの体内に閉じ込められたマリオ達と、そうとは知らないクッパが間接的に協力し合いながら道を切り開いて行く。ストーリー中の言い回しなどは、メタボリックシンドロームが名前のモデルである「メタコロ病」をはじめ、発売当時における社会の話題を風刺したものが多い。『マリオ&ルイージRPG』シリーズでは国内売上最多の作品。