カプコンが発売した唯一のワンダースワン用ソフト(他のロックマンシリーズはバンダイが発売)。同時発売されたGBA『ロックマンエグゼ バトルチップGP』も同じ内容。 ロックマンエグゼシリーズに登場したバトルチップに焦点が絞られており、シリーズ本編の、アクションゲームの反射性とトレーディングカードゲームの戦術性を融合させたシステムとはまた異なり、アクション性を廃した、戦術性重視の本作独自のものでバトルが行われる。プレイヤーはネットナビとバトルチップで構成された「プログラムデッキ」を使って数々のトーナメントを勝ち上がり、最終的にマスタートーナメントで優勝するのが目的となる。