ロックマンエグゼシリーズの第一作目で、ゲームボーイアドバンス本体と同日に発売された。この作品で、ロックマンの持つ秘密が明らかにされる。電脳世界と現実世界を交互に冒険し、電脳世界では出現するウィルスと戦う世界観である。 西暦200X年。IT産業が急激に発達し、「PET」と呼ばれる携帯端末を全ての人が所有していた。 その中にいるのが擬似人格型プログラム「ネットナビ」である。 人々は彼らネットナビを介して、日常のあらゆる行為をネットワーク上で行うことができ、生活は数年前とは比べ物にならないほど便利になっていた。 しかし、その一方でネット犯罪が深刻化し、各地のネットワークでウィルス・ネットテロ対策が社会問題化していた。 中でも悪質なのはWWW（ワールドスリー）と呼ばれるネット犯罪集団である。データを全て消去したり、機器を暴走させたりして、多くの人が被害を受けている。彼らにはネット犯罪者を取り締まるオフィシャルネットバトラーも手を焼いていた。 デンサンシティ、秋原町。そこにはウィルスバスティングの得意な小学5年の少年、光熱斗がいた。彼のナビの名はロックマン。2人は大きな事件に巻き込まれてゆくことになる。