ロックマンXシリーズ第6作。本作は前作との関連が強く、ストーリー面では『ロックマンX5』で生死不明となったゼロの行方が注目された。それに連なり、エックスがゼロの武器ゼットセイバーを使えるようになっている。 システム面では『ロックマンX5』のものをベースとしており、プレイ中のナイトメアソウルを集めることによってハンターランクが算出され、ランクが上がるとパワーアップパーツが装備可能となるシステムを採用している。パーツは各ステージで傷ついたレプリロイドを救出することにより入手できる。ストーリー展開にも影響するアナザーボスの存在など、前作に引き続き非常に凝ったゲームシステムが特徴となっている。前作で初めて搭載されたオペレーターによるステージのオペレートは特定の所で任意表示出来るシステムに変更された。本作はあるステージを出ると、他のステージに影響が出て難易度が変化する。