ロックマンシリーズ10周年作品。キャラクターが声を発するようになり、さらにアニメーションシーンやオープニング曲・エンディング曲が初めて導入された。また、前作同様ネジを集めてパーツを作るシステムがあるが、入手できるネジの数が限られているため、どのアイテムを開発するかが鍵となる。後発であるSS版には隠しキャラが登場する、ボイステスト、サウンドテストなどのおまけ要素がある。 本作も『ロックマン2』からの伝統であるボスキャラクターのデザイン一般公募が行われたのだが、テングマンとアストロマンはあらかじめカプコン側がデザインしたもので、残り6体のデザインが公募された。今回のワイリーの基地は、話中で「ワイリータワー」の名称で呼ばれている。